公积金的扣除方式主要分为自动扣款和手动操作两种。

公积金的自动扣款是最常用的方式。在办理公积金贷款时，银行会与公积金账户建立关联，并设定自动扣款。每月还款日，银行会自动从公积金账户中扣除相应的还款金额，这种方式确保了还款的及时性和准确性，无需借款人每月手动操作。此外，如果借款人办理了公积金月冲业务，即贷款银行每个月从借款人的公积金账户中扣除余额用来偿还公积金贷款，那么公积金贷款的每月还款也是自动从公积金账户中扣除的。

手动操作扣款虽然较少使用，但在某些情况下，借款人也可以选择这种方式。借款人需要登录到相关的公积金管理网站或手机应用，找到贷款还款的入口，然后手动选择从公积金账户中扣款。这种方式相对繁琐，但为借款人提供了更灵活的控制方式。不过，需要注意的是，手动操作扣款需要借款人在每月还款日前完成，否则可能会导致逾期还款。

除了上述两种扣除方式外，公积金的扣除还与缴存基数和缴存比例有关。职工的住房公积金缴存基数为职工本人上一年度月平均工资，单位每年应当根据职工上一年度工资调整情况确定当年的住房公积金缴存基数。住房公积金缴存比例则应在5%至12%的范围内，由缴存单位根据自身情况自主确定。缴存基数和缴存比例的确定直接影响到公积金的扣除金额。

此外，对于单位生产经营困难的情况，可以申请降低住房公积金缴存比例或者缓缴。审批同意后，可以在一定期限内执行降低后的缴存比例或缓缴政策。但需要注意的是，降低缴存比例或缓缴并不意味着可以不缴存公积金，只是暂时减轻了单位的缴存负担。

综上所述，公积金的扣除方式灵活多样，借款人可以根据自身情况选择合适的扣除方式。同时，缴存基数和缴存比例的确定也是公积金扣除的重要环节，需要单位和职工共同关注。